مدلسازی مقایسهای ساختار سه بعدی سوپراکسید دیسموتاز منگنز-آهن باکتری ژئوباکتر سویه m۲۱ (یک باکتری کاهنده آهن) و ویژگیهای اتصالی آن با بیسفنول-آ، آمینوتریازول و اتیلین دیاوره
نویسندگان
چکیده
سوپراکسیددیسومتاز نقش مهمی در دفاع آنتیاکسیدانی داشته و آنزیم مهمی در شبکه انتقال الکترون باکتریایهای تنفس کننده آهن مانند خانواده ژئوباکتریاسه دارد. با توجه به نقش مهم باکتریهای تنفس کننده آهن در بیوتکنولوژی محیط زیست به ویژه در پالایش و تجزیه زیستی، درک مکانیسم مهار یا تحریک سوپراکسید دیسموتاز توسط عامل مهارگر یا محرک، به درک کاربردهای بیوتکنولوژیک آنزیم و چگونگی ارتقای کاربردها کمک خواهد کرد. پیش از این، بیسفنول-آ و آمینوتریازول به ترتیب به عنوان مهارگر و مهارگر احتمالی سوپراکسید دیسموتاز گزارش شدهاند، و اتیلن دی-اوره به عنوان یک القاگر احتمالی سوپراکسید دییسموتاز در گیاهان گزارش شده است. در این پژوهش، مکانیسم میان کنش بین بیسفنول-آ، آمینوتریازول و اتیلن دی-اوره با سوپراکسید دیسموتاز geobacter sp. m21 بررسی شده است. ساختار سه بعدی پروتئین توسط سرورهای swissmodel، ps2، m4t و itasser پیشبینی شده و ساختار نهایی توسط نرمافزار modeler-v.9.13 ساخته شد. محل اتصال کوفاکتور (fe ii) با نرمافزار autodock vina و سرور coach پیشبینی شد. نرمافزار molegro virtual docker برای تعیین محل جایگاه فعال، الگوهای moldock و plants scoring function برای فرآیند داکینگ و همچنین، نرمافزارهای ligandscout و molegro برای بررسی میانکنشهای میان لیگاند و پروتئین استفاده شد. نتایج نشان داد که همه لیگاندها در چند محل متفاوت و از طریق پیوندهای هیدروژنی، هیدروفوبیک و الکترواستاتیک با پروتئین میانکنش دارند. درک آثار واقعی لیگاندها نیازمند آزمایشهای عملی در آزمایشگاه یا محل آلودگی دارد. اگر چه، اگر مشخص شود بیسفنول-آ یا آمینوتریازول آثار مهارکنندگی دارند، پیامد این اثر، کاهش بازده زیستپالایی فلزات سنگین و سایر آلایندهها خواهد بود، در حالی که اتیلن دی- اوره ممکن است سبب افزایش بازده این فرآیند شود.
منابع مشابه
جداسازی و شناسایی یک سویه باکتری شیمیولیتواتوتروف اختیاری اکسیدکننده آهن و گوگرد از چشمههای اردبیل
مقدمه: استخراج فلزات از معادن سولفیدی با استفاده از روشهای رایج فیزیکی شیمیایی، علاوه بر آسیب به محیط زیست، بسیار هزینهبر است. کاربرد عناصر زیستی موجود در طبیعت، نظیر باکتریها، در حذف گوگرد از سنگهای معدنی و استخلاص کم هزینهتر فلزات، سالهاست با عنوان فرآیند فروشویی زیستی مورد توجه محققان قرار گرفته است. مواد و روشها: برای انجام این تحقیق، نمونهبرداری از چشمههای اسیدی آب معدنی ا...
متن کاملبررسی اثرات ضدمیکروبی نانوذرات ترکیبی اکسید روی- منگنز و اکسید روی- آهن علیه باکتری شیگلا فلکسنری
در این تحقیق، سنتز نانوذرات منگنز- اکسید روی ، آهن- اکسید روی به روش ترسیب شیمیایی هم‌زمان و بررسی ویژگی-های ساختاری و مورفولوژیکی نانوذرات حاصله با استفاده از طیف مادون قرمز فوریه، پراش اشعه X و میکروسکوپ الکترونی عبوری صورت گرفت. اثرات ضد میکروبی نانوذرات در برابر باکتری شیگلا فلکسنری (PTCC 1234) توسط روش تعیین قطر هاله عدم رشد سنجیده شد. میزان هم افزایی نانوذرات با دو ماده پراکسید هیدروژن و ...
متن کاملمعرفی باکتری های کاهنده آلاینده های فلزی ( آهن ، نیکل) در خور موسی
به منظور جداسازی سویه های باکتریایی مقاوم به فلز آهن و نیکل، نمونه رسوبات از پنج ایستگاه در خور موسی بر روی محیط کشت BHI agar واجد ppm 1000 آهن و ppm 50 نیکل کشت داده شد .توانایی تحمل پذیری سویه‌های جدا شده به فلز آهن در محیط BHI با توالی غلظت ppm15000-1000 وفلز نیکل با توالی غلظت ppm25000-100 ارزیابی گردید و مقاومترین سویه ها گزینش و حداقل غلظت فلزی مهارکننده رشد(MIC) و حداقل غلظت فلزی کشنده (...
متن کاملجداسازی و شناسایی یک سویه باکتری شیمیولیتواتوتروف اختیاری اکسیدکننده آهن و گوگرد از چشمههای اردبیل
مقدمه: استخراج فلزات از معادن سولفیدی با استفاده از روشهای رایج فیزیکی شیمیایی، علاوه بر آسیب به محیط زیست، بسیار هزینهبر است. کاربرد عناصر زیستی موجود در طبیعت، نظیر باکتریها، در حذف گوگرد از سنگهای معدنی و استخلاص کم هزینهتر فلزات، سالهاست با عنوان فرآیند فروشویی زیستی مورد توجه محققان قرار گرفته است. مواد و روشها: برای انجام این تحقیق، نمونهبرداری از چشمههای اسیدی آب معدنی ا...
متن کاملبررسی فعالیت ایزوزایم‌های سوپراکسید دیسموتاز تحت شرایط مختلف تغذیه آهن در گیاه آلوئه ورا
Since Aloe vera has special adaptations to the environmental conditions of Iran, it has industrially utilized. The more studying physiological and biochemical properties of usable tissues improves its utilizing. In this study the effects of iron nutrition on the iron concentrations in different leaf tissues and the activity of superoxide dismutase were investigated. Propagated plants from a mat...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
عنوان ژورنال:
iranian journal of environmental technologyجلد ۱، شماره ۱، صفحات ۱۹-۳۰
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023